Vor der Kolonisation durch die Spanier, wurde die Region, welche heute kolumbianisches Staatsgebiet ist, von unterschiedlich weit entwickelten sozialen Gruppen bewohnt. So lebte dort neben Jägern und Nomaden einer der am weitesten entwickelten Indianerstämme jener Zeit, die Chibchas. Die erste spanische Kolonie wurde 1525 gegründet und Santa Marta benannt. Santa Fe de Bogotá wurde 1538 gegründet und wurde 1717 zur Hauptstadt des Vizekönigreichs von Neu Granada, welches die heutigen Staatsgebiete von Venezuala, Ecuador und Panama umfasst. Bogotá war zur spanischen Kolonialzeit eine der drei Hauptverwaltungsstädte der Spanier in der „neue Welt“.
Am 20. Juli 1810 entdsandten die Einwohner Bogotas den ersten Abgeordnetenrat, welcher sich der spanischen Obrigkeit widersetzten sollte. Die Unabhängigkeit erfolgte im Jahr 1813 und daraufhin wurde im Jahr 1819 die Republik La Gran Colombia ausgerufen, welche das gesamte Gebiet des ehemaligen Vizekönigreichs umfasste. Der erste Präsident war der Unabhängigkeitskämpfer und Nationalheld Simon Bolivar gefolgt von Francisco de Paula Santandar als Vizepräsident. Konflikte zwischen ihren Nachfolgern führten zu der Entwicklung von zwei politischen Parteien, welche noch heute das kolumbianische Parteiensystem beherrschen. Die Befürworter Bolivars formten das Zentrum der Konservativen Partei, welche eine stark zentralisierte, eng an die katholiche Kirche gebundene Regierung mit begrenztem Stimmrecht für das Volk anstrebte. Die Nachfolger Santanders, Vorläufer der Liberalen, kämpften für mehr Stimmrecht und eine dezentralisierte Regierung, die sich für Bildung und andere öffentliche Angelegenheiten einsetzt.
Während des 19. und 20. Jahrhunderts regierten beide Parteien für etwa den gleichen Zeitraum. Kolumbien etablierte und erhielt die Tradition einer zivilen Regierung und regelmäßiger, freier Wahlen. Trotz der demokratischen Institutionen des Landes, ist die Geschichte Kolumbiens durch umfassende gewaltsame Konflikte geprägt. So resultierten zwei Bürgerkriege aus der eisernen Rivalität zwischen den Konservativen und den Liberalen: Der Krieg der Tausend Tage (1899-1903), welcher 100.000 Menschenleben forderte und La Violencia (1946-1957), dem ungefähr 300.000 Menschen zum Opfer fielen.
Nach dem letzten Bürgerkrieg versuchte die kolumbianische Regierung Friedensverhandlungen mit den bestehenden Guerrillaorganisationen zu führen, welche sich in den abgelegenen und unterentwickelten Regionen Kolumbiens aufhalten. Im Jahr 1984 handelte der Präsident Belisario Betancur, ein Konservativer, ein Waffenstillstandsabkommen mit den Militärtruppen (FARC) und der Demokratischen Allianz aus. Dieses Abkommen wurde 1990 von der FARC durchbrochen. In den 1990igern musste die Kolumbianische Regierung sich mit den Terroristenorganisationen der linken Guerrillas und mit der Zunahme paramilitärischer Selbstverteidigungstruppen auseinandersetzen, sowie verstärkt gegen den anwachsenden Drogenhandel ankämpfen.
Während der Regierungszeit des Konservativen Andres Pastrana (1998-2002) kam der „Plan Colombia“ zustande. Dieser Plan dient der effektiven Bekämpfung des Terrorismus und des Drogenhandels, sowie der wirtschaftlichen Stabilisierung, der Stärkung der demokratischen Institutionen und dem Schutz der Menschenrechte. Verhandlungsversuche mit den FARC scheiterten, da jene weiterhin gewaltsame Attentate und Morde ausübten und den Drogenanbau fortsetzten.
Im Mai 2002 wurde der Unabhängige Alvaro Uribe gewählt, der Sicherheit in das Land bringen und an den Zielen des „Plan Colombia“ festhalten wollte. Uribe setzte eine nationale Sicherheitsstrategie ein, die wirtschaftliche, politische und militärische Mittel nutzte, um alle Drogenhandel- und Terroristengruppen zu schwächen. Das Resultat dieser militärischen und politischen Operationen ist eine weitestgehende Schwächung der FARC. Dennoch sind militärische Anschläge und Entführungen bekannt, die anzeigen, dass eine Gefährdung der militärischen Truppen nach wie vor besteht.